شاگردان
تعداد شاگردان وی از فقها و مجتهدان و علمای شیعه، به بیش از سیصد تن رسید و در همان وقت چند صد نفر از علمای اهل سنت نیز از محضر او استفاده می کردند.
مناصب عالی
آوازه علم و دانش و ورع و زهد و تقوای شیخ طوسی، همچنان که از مرزهای عراق گذشته و به اقصی نقاط دنیا رسیده بود، از دیواره هزارکنگره قصر با عظمت خلیفه عباسی نیز گذشت، به طوری که «القائم بامر الله» خلیفه عباسی، با همکاری آل بویه، کرسی تدریس کلام را در مرکز خلافت به او داد. در آن روزگار برای این کرسی، عظمت و رتبه والایی قائل بودند، به طوری که آن را به بزرگترین دانشمند کشور واگذار می کردند و این نشانه آن است که در آن زمان بالاتر و والاتر از شیخ طوسی در تمام بغداد و سرزمین های اسلامی کس دیگری نبود که شایستگی تدریس را داشته باشد.
واقعه ای اسفبار
ترکان سلجوقی در سال 447 هجری با استفاده از ضعف آل بویه به بغداد حمله کردند و با اشغال آن حکومت آل بویه را برانداختند. در این زمان عبد الملک وزیر متعصب طغرل بیک، به محله های شیعه نشین حمله کرده، به قتل و غارت آنان پرداختند و به خانه شیخ حمله کردند تا وی را به قتل برسانند، ولی چون او را نیافتند، وسایل منزل و کتاب های او را آتش زدند و نابود ساختند.
بعد از این حادثه اسفبار که ضایعات جبران ناپذیری به جهان علم وارد ساخت، شیخ از بغداد خارج شد و به نجف اشرف رفت.